2261 年，Vorlons 加入了暗影战争，但当 Vorlons 开始摧毁他们认为受到暗影“影响”的整个星球时，他们的战术成为联盟的一个关注点。受到这一事态转变的困扰，巴比伦 5 招募了其他几个强大而古老的种族（第一批）加入他们的事业，对抗暗影和漩涡。约翰·谢里丹上尉在逃离 Z‘ha‘dum 后回到了车站，但付出了代价：除非生病或受伤，否则他只剩下 20 年的生命了。他身边有一个名叫 Lorien 的神秘外星人，他声称自己是银河系中最古老的有知觉的生物。在谢里丹返回前几个小时，加里波第被救出并送回了车站，情况相当可疑。他对其他外星种族和谢里丹明显比以前更加偏执和怀疑。半人马皇帝卡塔吉亚与暗影建立了关系。隆多·莫拉里策划了对卡塔吉亚的刺杀，并否认了他与暗影的协议。隆多杀死了莫登先生并摧毁了基于半人马座母星的暗影飞船，试图拯救他的星球免遭渺隆人的毁灭。在其他古老种族和几个年轻种族的帮助下，谢里丹引诱 Vorlons 和 Shadows 进行一场巨大的战斗，在此期间，Vorlons 和 Shadows 透露他们被留下来作为年轻种族的守护者，但由于哲学上的差异，最终将他们用作他们无休止的战争中的棋子。年轻的种族拒绝他们持续的干涉，Vorlons 和 Shadows 以及剩余的 First Ones 同意永远离开银河系。在暗影被击败后，加里波第辞去了安全主管的职位，以“信息提供者”的身份独立工作。他开始为一位火星大亨威廉·埃德加斯（William Edgars）工作，后者嫁给了加里波第的前爱人。虽然他与埃德加斯的关系越来越密切，但他对谢里丹的攻击性越来越强，最终离开了巴比伦 5。 Minbar 是 gr被战士和宗教种姓之间的短暂内战所推动。Delenn 秘密会见了战士种姓的 Neroon，并说服他不能让任何一方获胜。她告诉他，她将接受一个仪式，她愿意牺牲自己，但会在她真正死去之前停止这个仪式。当 Neroon 看到她实际上打算完成整个仪式时，他救了她并牺牲了自己，并宣布虽然他天生就是战士，但在他心中他是虔诚的。作为地球与巴比伦 5 之间持续冲突的一部分，加里波第最终背叛了谢里丹并安排了对他的捕获，以获得埃德加斯的信任并了解他的计划。加里波第后来得知，埃德加斯创造了一种病毒，这种病毒只对心灵感应者有危险。然后揭示了加里波第实际上是在第 3 季结束时被心灵军团绑架的，并被贝斯特重新编程以在正确的时间向他提供信息。贝斯特释放了加里波第的程序，并让他记住了他被绑架后所做的一切。埃德加斯被杀，他的妻子失踪，但在战争结束后与加里波第团聚。加里波第帮助释放了谢里丹，并让他重新参与到解放地球的运动中。由巴比伦 5 领导的联盟在一场短暂而血腥的战争中将地球从克拉克总统的极权统治中解放出来。这最终导致克拉克自杀和民主政府的恢复。马尔斯被授予完全独立，谢里丹同意辞去他的委托。不结盟世界联盟解散并改革为星际联盟，谢里丹当选为第一任总统，并继续指挥游骑兵，游骑兵将充当相当于联合国维和人员的银河系。在本季大结局中，展示了未来 100 年、500 年、1000 年和 100 万年的事件，描绘了巴比伦 5 在整个历史上的持久影响。所展示的事件包括 2261 年内战的政治后果，随后在公元 2762 年涉及新极权主义政府的地球核战争，由此导致的地球陷入前工业化社会，人类太空旅行知识的丧失和恢复，以及人类最终进化成类似于 Vorlons 的能源生物。之后，地球的太阳变成新星。收起